Los estudios sobre genética poblacional son de gran importancia para el manejo y conservación de las especies, debido a que aportan elementos que permiten soportar la delimitación de unidades poblacionales. Istiophorus platypterus es una de las especies más importantes para la pesca deportiva en los países donde se realiza esta actividad, a pesar de esto es poco lo que se conoce acerca de su estructura genética poblacional. La presente investigación tuvo como objetivo evaluar los niveles de variabilidad y diferenciación genética del pez vela, mediante el uso de secuencias de la región control del ADN mitocondrial (ADNmt) y microsatélites. Las muestras de tejido fueron obtenidas de los peces capturados por las flotas deportivas de cuatro localidades de México (Mazatlán, Manzanillo, Acapulco, y Oaxaca), y una en Ecuador (Manta). Se llevó a cabo un análisis global, empleando los datos obtenidos en el presente estudio y secuencias de individuos provenientes del Atlántico, depositadas en Genbank. Para el análisis global (Pacífico-Atlántico) se revisaron 493 secuencias, apartir de las cuales se identificaron 217 haplotipos. La diversidad nucleotidica en el Atlántico fue 0.0622 y en el Pacífico de 0.0085. El valor de ?ST fue significativamente diferente de cero (?ST = 0.5645, P = 0.0000), indicando estructuración poblacional. Esto soporta que el pez vela del Pacífico Oriental pertenece a una unidad poblacional diferente a otra que se encuentra en el Atlántico. Para el análisis regional (Pacífico Oriental) se analizaron 250 secuencias y se genotipificaron 109 individuos con 10 loci microsatélites. Se identificaron 134 haplotipos con una diversidad haplotipica promedio de 0.963 y una diversidad nucleotidica de 0.007. Todos los loci microsatelite fueron polimórficos y en total se obtuvieron 64 alelos distintos. El número de alelos por locus fluctuó entre 2 y 10, con un promedio de 5.4. La diversidad genética medida con base a la diversidad nucleotidica, fue relativamente baja en relación con otras regiones del mundo, y otras especies de peces de pico, sin embargo la diversidad genética medida con base a la heterocigosidad fue alta, con un valor promedio de 0.701. El análisis devarianza molecular (AMOVA) para datos mitocondriales indicó diferencias genéticas significativamente diferentes de cero (P = 0.029), aunque el Análisis Bayesino asignó los individuos a un grupo. El AMOVA con datos nucleares no mostró diferenciación genética significativa (FST = 0.004, P > 0.05). Una prueba de aislamiento por distancia con datos mitocondriales mostró una correlación significativa entre la distancia genética y la distancia geográfica. El análisis filogeográfico reveló una distribución de los haplotipos con un patrón de tipo estrella, y la distribución de diferencias pareadas entre pares de secuencias de ADNmt mostró un patrón unimodal para las cinco áreas muestreadas, indicando una expansión demográfica reciente. Las tasas de migración recientes presentaron valores que variaron entre 1 y el 19% entre los cinco sitios de muestreo y no se identificaron cuellos de botella recientes en los organismos de pez vela del Pacífico Oriental. La presente investigación aporta datos que permitiran en un futuro soportar medidas para la explotación racional del recurso.

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