Los sistemas arrecifales presentan una gran heterogeneidad estructural y en ellos habitan complejas comunidades de peces que se caracterizan por tener una alta diversidad en comparación con otras asociaciones de peces. La relación de la complejidad estructural de los sistemas arrecifales con las asociaciones de peces ha sido evaluada con resultados variables. En este contexto en la presente investigación se evaluó el efecto de la complejidad estructural del hábitat con las asociaciones de la ictiofauna conspicua arrecifal, así como las variaciones temporales en los arrecifes rocosos del Pardito, Melón (Isla San José) y San Juan de la Costa pertenecientes a la zona sur del Golfo de California. Por lo cual se realizaron censos visuales durante los meses de marzo, mayo, julio, septiembre, octubre, noviembre y diciembre del 2011. Los censos visuales se realizaron por buceo libre, en transectos lineales de 50 m por 2.5 m para cubrir un área de 250 m2. El hábitat se evaluó tomando las características como la rugosidad, cobertura del tipo del sustrato, número de oquedades y el tamaño de roca, identificando dos niveles de complejidad estructural del hábitat (CEH): El Melón categorizado como de alta complejidad estructural del hábitat (ACEH) y las localidades de El Pardito y Roca Fosfórica como de media complejidad estructural del hábitat (MCEH). Se contabilizaron un total de 17,939 organismos, pertenecientes a nueve órdenes, 30 familias, 56 géneros y 80 especies. Las familias mejor representadas en número de especies fueron: Pomacentridae (10 especies), Haemulidae (8) y Labridae (7); mientras que las familias mejor representadas en abundancia fueron Pomacentridae (41%), Labridae (16.3%), y Haemulidae (10.9%). El análisis de afinidad ictiogeogràfica indicó una dominancia de especies de origen tropical, es decir pertenecieron a la provincia Panámica, identificándose un total de tres especies endémicas (Provincia de Cortez). La diversidad general de los tres arrecifes rocososfue de 4.9 bits /ind., valor que es similar a los reportados para el Golfo de California. De acuerdo al índice de valor biológico (IVB), nueve fueron las especies dominantes en los tres arrecifes rocosos (A. troschelii, S. rectifraenum, T. lucasanum, B. diplotaenia, M. dorsalis, H. passer, S. ghobban, C. punctatissima y L. argentiventris). En cuanto al índice de distintividad taxonómica este no aumento, al incrementar la CEH. Sin embargo El Pardito a pesar que presentó una MCEH, registró una mayor distintividad en relación a los otros dos arrecifes lo cual posiblemente se deba, a la presencia de una mayor cobertura de coral. Temporalmente los índices ecológicos presentaron una tendencia a aumentar durante la época cálida, sin embargo no se presentaron diferencias significativas entre épocas. De acuerdo a estos resultados, las zonas con una complejidad estructural alta y media, con condiciones del hábitat no perturbados (El Pardito y Melón) presentaron los valores más altos de los índices ecológicos, mientras que la Localidad de Roca Fosfórica (complejidad estructural media y perturbada) se registraron los valores más bajos.

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