México es uno de los principales exportadores de pulpo a nivel mundial. Actualmente únicamente existen normas legales específicas que regulan su aprovechamiento en el Golfo de México y Mar Caribe. Sin embargo, estas normas no aplican para el Pacífico Mexicano. El problema principal es que se desconocen las especies y por lo tanto no se pueden evaluar sus poblaciones. La dificultad de identificación se debe principalmente a la inconsistencia de rasgos morfológicos entre las especies. Al respecto, las herramientas moleculares han sido utilizadas eficazmente en la identificación y distribución de las especies, así como en la evaluación de sus poblaciones. Ante el problema y la opción molecular, la presente investigación utilizó secuencias mitocondriales de 16s r ARN y COI, para identificar especies de pulpo yen conjunto con microsatélites determinar su distribución, evaluar sus poblaciones y la conectividad genética por especie. Con ayuda de secuenciación masiva (454-ROCHE) se obtuvieron 22 loci microsatélites y se ensamblo el genoma mitocondrial completo, este último se utilizó como referencia para los secuencias de 16s r ARN y COI, que se desconocían para una de las especies. El análisis filogenético de 96muestras en 12 localidades usando 16s r ARN y COI mostró una diferencia filogenética para tres especies Octopus bimaculatus, Octopus bimaculoides y Octopus hubbsorum con una tasa de divergencia de 3.3% a 7.1% para 16s ARN y de6.3 % a 10.4% para COI, siendo más cercanas O. bimaculatus y O. bimaculoides(16s ARN = 3.3% y COI 6.3%). Un análisis de clúster bayesiano con 316 muestras(incluyendo las 96 previas) en 20 poblaciones y 7 loci microsatélites compartidos entre las tres especies identificó 3 clúster propios de las 3 especies y determinó la distribución de las poblaciones por especie. Las tres especies se traslaparon alrededor de la región biogeográfica de Bahía Magdalena, mientras en el Golfo de California únicamente O. bimaculatus y O. hubbsorum se traslaparon alrededor delas grandes islas, la primera se asoció a un ambiente templado en el norte del golfo,mientras O. hubbsorum fue más tropical al sur de las islas. No hubo evidencia genética de la presencia de O. bimaculoides en el Golfo de California.

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