Se evaluaron los cambios mensuales en la composición y abundancia de grandes grupos taxonómicos de zooplancton durante 2022 y 2023, comparando el hábitat nerítico de El Mogote y el oceánico de Cuenca Alfonso en la Bahía de La Paz, B.C.S., México. El objetivo fue contrastar la hipótesis de que la abundancia promedio de los grupos de zooplancton es mayor durante la fase fría de El Niño-Oscilación del Sur (ENSO) que, en la fase cálida, así como determinar si El Mogote presenta mayor abundancia que Cuenca Alfonso. El estudio abarcó condiciones frías asociadasa La Niña (enero 2022-marzo 2023), una breve fase neutra (abril-mayo 2023) y condiciones cálidas de El Niño (junio 2023-marzo 2024), determinadas por el índice MEI.v2. Se identificaron 36 grupos taxonómicos; copépodos, cladóceros y decápodos dominaron numéricamente en El Mogote en ambas temporadas, mientras que Cuenca Alfonso mostró mayor riqueza taxonómica pero menor abundancia, con copépodos como grupo dominante. Durante la temporada cálida de 2023 en Cuenca Alfonso se registró un aumento de huevos de peces y radiolarios. El análisis de correspondencia canónica reveló una separación espacial entre ambos hábitats,asociada a gradientes de clorofila-a y oxígeno disuelto, y mostró que la diversidad y abundancia del zooplancton fueron mayores en invierno-primavera y durante El Niño 2023-2024. Se concluye que existe una diferenciación espacial y estacional en la estructura de la comunidad de zooplancton entre los hábitats oceánico y nerítico de la Bahía de La Paz, apoyando la hipótesis planteada.

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