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Si bien está documentado que fenómenos oceanográficos como El Niño influyen en la abundancia y distribución del zooplancton, como se ha reportado para los copépodos y otros grupos zooplanctónicos en particular, poco se sabe de la magnitud con la que afecta la estructura comunitaria zooplanctónica en áreas de potencial explotación pesquera, como es el caso de Bahía Magdalena. El objetivo de esta investigación fue estimar la variabilidad interanual de la abundancia, mortalidad no-depredadora y resiliencia de la comunidad zooplanctónica durante condiciones El Niño y posteriores en Bahía Magdalena (2015-2018), basándonos en la hipótesis de que el efecto del evento El Niño 2015-2016 en la comunidad zooplanctónica se observará en la disminución de la abundancia, aumento de mortalidad no-depredadora y baja similitud de la comunidad con otros años. Los organismos se capturaron mensualmente a partir de arrastres superficiales con redes para zooplancton en siete estaciones ubicadas en el litoral de Bahía Magdalena durante 2015-2018. Además, se registró la temperatura superficial del mar (TSM), la salinidad, clorofila a y oxígeno disuelto en el agua. Todas las variables ambientales observadas variaron significativamente durante el período analizado. Se registraron 41 grupos taxonómicos del zooplancton, siendo los copépodos, decápodos y diplostracos los más abundantes y dominantes durante los cuatro años. La comunidad de copépodos estuvo conformada por 22 especies. Acartia lilljeborgii dominó durante 2015 y 2016, mientras que Acartia clausi fue la más abundante durante 2017 y 2018. La mortalidad no depredadora media para los copépodos fue de 17%, mientras que para decápodos fue de 21%. Durante El Niño, la mortalidad no depredadora fue muy superior a la analizada sin la presencia del evento cálido. Las variables ambientales que se correlacionaron con el aumento de la mortalidad no depredadora fueron la TSM y la salinidad. En la comunidad del zooplancton se apreciaron diferencias significativas (p < 0.05) en cuanto a la abundancia entre el primer semestre del 2015 con respecto a todos los primeros semestres de los años analizados. El análisis de similitud comunitario mostró semejanzas superiores al 80% entre los primeros semestres de 2017 y 2018. La menor similitud ocurrió entre 2016 y 2018 (21%). El Índice de Recuperación Comunitario fue inferior a 1durante 2016 tanto para la comunidad de copépodos como para el zooplancton en general. Se concluye que la disminución de la abundancia y el aumento de la mortalidad no-depredadora durante el periodo 2015-2016 es evidencia del impacto en la estructura de la comunidad del calentamiento del océano, así como que la comunidad zooplanctónica se recuperó después de haber sido sometida a un evento cálido anómalo (El Niño 2015-16) en un lapso de aproximadamente dos años.
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