El complejo sardina crinuda se compone de tres especies del género Opisthonema (O. libertate, O. medirastre yO. bulleri), las cuales son capturadas por la pesca comercial en e lNor-Pacífico mexicano. Hay relativamente poca información sobre la diversidad y la estructura poblacional a nivel genético a pesar de la importancia pesquera de este grupo y de la relevancia de entender los procesos de divergencia a nivel microevolutivo que pudiera provoca una estructura poblacional. Los análisis enfocados en la detección de grupos fenotípicos en O. libertate han sugerido la presencia de distintos stocks en el noroeste de México; sin embargo, los análisis genéticos (basados en secuencias de ADNmt) han indicado la ausencia de diferencias genéticas entre individuos de México, El Salvador y Costa Rica,. El presente estudio, profundiza el análisis de la estructura poblacional de O. libertate y O. bulleri, a partir de organismos procedentes de Puerto San Carlos, B.C.S., y Mazatlán, Sin., a partir de información genómica basada en SNPs, obtenidos mediante el protocolo ddRAD-seq. Se analizaron 93 individuos de O.libertate de Puerto San Carlos (n= 52) y de Mazatlán (n=41) y48 de O. bulleri de Mazatlán. Se obtuvieron 2,037 loci neutrales y 11 loci bajo selección en O. libertate; y 1,975 loci neutrales y 142 loci bajo selección en O. bulleri. Los resultados de estos datos sugieren que ambas especies tienen una diversidad genómica relativamente elevada (O. libertate, Ho =0.1984; O. bulleri Ho =0.2021), considerando como referencia los resultados encontrados en otras especies de pelágicos. Respecto al análisis poblacional, los loci neutrales de ambas especies no revelaron la existencia de una estructura genómica (O.libertate, F_ST =0.0010; O. bulleri F_ST= 0.0051), sugiriendo la existencia de una alta conectividad en el noroeste de México y respaldando los resultados previos obtenidos mediante ADNmt. Sólo en O.bulleri los loci bajo selección identificaron dos grupos bien diferenciados, probablemente como resultado de factores ambientales presentes en esta zona, que influyen en regiones particulares del genoma. En ejemplares de O. libertate procedentes de Puerto San Carlos, se detectaron 15 parejas en primer grado, lo cual podría indicar la existencia de cierto nivel de retención local.

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