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Los peces picudos (Familias Xiiphidae e Istiophoridae) representan especies de gran importancia para la pesca deportiva y generan altos ingresos económicos. Por otro lado, estas especies también están sujetas a la pesca incidental y al comercio no controlado, lo cual ha provocado impactos negativos en sus poblaciones. Algunas de ellas se han categorizado por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) como “amenazadas”. En ese sentido, es necesario reforzar acciones que permitan apoyar medidas de conservación. El objetivo de la presente investigación es desarrollar implementar marcadores genéticos simples pero robustos para la identificación de seis de las especies de peces picudos distribuidos en el Pacífico Oriental Tropical: Istiophorus platypterus, Makaira nigricans, Kajikia audax, Xiphias gladius, Istiompax indica y Tetrapturus angustirostris. Para esto, se implementaron dos técnicas moleculares: la primera será basada en PCR-RFLP’s y la segunda en PCR-Multiplex. El análisis de la primera técnica, dirigida al fragmento del ADN mitocondrial COI, se detectaron seis enzimas de restricción enzimas (AccI, BstEII, HinfI, HaeIII, PvuII y TaqI) que permiten la adecuada discriminación entre las seis especies. La enzima HinfI permite diferenciar las especies I. platypterus, K. audax, T. angustirostris y X. gladius. Por otro lado, la enzima HaeIII permite una mejor discriminación entre las especies K. audax y T. angustirostris. Por último, para discriminar entre las especies M. nigricans e I. indica, se utiliza la enzima AccI. Para la PCR-Multiplex se diseñaron seis iniciadores especie-específico para la región control (CR) y un iniciador universal para la región 12S. Para esta última herramienta, se pudo observar que los iniciadores diseñados amplifican tamaños aproximados para su respectiva especie y permite la identificación de las especies a través de la diferencia de tamaños de banda en los geles de agarosa. Estas herramientas fueron probadas en tejidos provenientes de comercios donde se pudo realizar la identificación de las especies M. nigricans, K. audax, así como especies de otros grupos como T. albacares y N. pectoralis.
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