El presente estudio investiga los cambios estacionales e interanuales de la abundancia de larvas de peces en el Parque Nacional Cabo Pulmo (PNCP),  bajo la influencia de El Niño 2015-2016 (mayo 2015–mayo 2016 con anomalías de temperatura superficial del mar +1.5 a 2.9 °C y valores MEIv.2 >0.5), seguido de una relajación térmica durante junio 2016 a noviembre 2017. Estas variaciones temporales de la abundancia y composición taxonómica de larvas de peces fueron  analizadas semanalmente durante 2015–2017 y en función de 14 variables climatológicas y biológicas utilizando métodos estadísticos multivariados no paramétricos. Se propuso la hipótesis de que la estructura y composición de los taxa de larvas de peces de afinidad Tropical y Subtropical mostrarán cambios asociados con la variabilidad hidrográfica estacional, con un aumento en la variabilidad por el efecto de El Niño 2015–2016 y su posterior relajación de las anomalías de la temperatura en el ecosistema. Se observaron 171 taxa de larvas de peces durante 2015–2017 (60 familias, 93 géneros, 161 especies). Un total de 26 especies tuvieron frecuencia de aparición >5% dominados por Benthosema panamense y Vinciguerria lucetia. Eliminando 13 especies mesopelágicas y batipelágicas, cuyos adultos no habitan en el PNCP se observaron 54 familias, 80 géneros, y 84 especies. Treinta y un taxa tuvieron frecuencia de aparición >5%. Dactyloscopidae sp. (43.7% frecuencia, 18% abundancia), Abudefduf troschelii (26.4%, 7.3%), Syacium spp. (19.8%, 8.5%), Auxis rochei (17.2%, 6.3%), Auxis spp. (13.8 %, 2.67 %) fueron los taxa numéricamente dominantes de los 157 taxas analizados en el PNCP. El análisis de procedimiento permutacional de multi-respuesta demostró diferencias significativas en la abundancia y composición de larvas de peces entre trimestres, estaciones, años y el evento El Niño. El Análisis de Redundancia identificó un primer agrupamiento integrado por especies de diferentes afinidades biogeográficas (WWC, cosmopolita de aguas cálidas, TR= tropical, SBTR= subtropical, TR-SBTR= tropical–subtropical) con las especies que destacan por su elevada abundancia: Dactyloscopidae, Tripterygiidae y Auxis spp. durante invierno-primavera y relacionado con el incremento del biovolúmen de zooplancton, el intervalo de marea y la salinidad. El segundo agrupamiento fue dominado por especies de amplia distribución Tropical-Subtropical durante el otoño-verano relacionado positivamente con el incremento de la Clorofila-a, precipitación pluvial semanal, altura del nivel del mar, productividad primaria neta, productividad máximo de clorofila-a, temperatura superficial del mar y el índice multivariado El Niño).  Por lo tanto, se identificaron dos temporadas de transición de cálido a frío y de frío a cálido. Se concluyó que la estructura de las larvas de peces mantuvo una notable patron estacional, pero difiere la composición de especies modificada por el evento El Niño 2015–2016 cuando predominaron las especies del ambiente pelágico, mientras que durante el 2017 la predominancia de las especies fueron del ambiente demersal y bentopelágico.

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