El conocimiento actual sobre las enfermedades y parásitos en poblaciones de cetáceos de vida libre es incipiente. El uso de técnicas no invasivas como el análisis de muestras de heces representa una alternativa práctica para estudiar poblaciones de ballenas dentro de sus hábitats naturales. El presente trabajo se enfoca en la identificación morfológica y molecular de endoparásitos de Balaenoptera musculus a través de heces. Morfológicamente se reconocieron 13 taxones de endoparásitos. Helmintos adultos de Bolbosoma turbinella y B.balaenae (Acantocephala), Ogmogaster antarctica (Trematoda) y huevos de Diphyllobotrium sp. (Cestoda), Crassicauda sp. y Ascaridida indet. (Nematoda) y 2 tipos de helmintos sin identificar. También, se observó la ocurrencia de los protozoarios entéricos Entamoeba spp., Balantidiumsp. y Giardia sp. La caracterización genética a partir de 601 pb de la región del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa subunidad I (COI) confirmó la identidad de B. turbinella y el dimorfismo sexual de la especie. La identificación de B. balaenae y O. antarctica se realizó con la comparación de 818 y 856 pb del gen 18S respectivamente. Los acantocéfalos parasitaron a las ballenas azules con prevalencia de 25–50 % y densidad media de 2–4 ind/hospedero, Crassicauda sp., Diphyllobothriumsp. tuvieron prevalencia de 44–78 % y densidad de 514–825 huevos por gramo de heces (HPG) y los protozoarios Balantidium sp. y Entamoeba spp. ocurrieron con prevalencia de 44–56% y densidad de 600–1425 protozoarios por gramo de heces (PPG). La riqueza, abundancia, dominancia y equidad de parásitos a nivel infracomunidad, así como los haplotipos observados en las secuencias de los parásitos reportados en B. musculus (presente trabajo), corrobora la hipótesis de que la fauna parasitaria es más diversa y compleja de lo que se conoce.

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