Resumen:
La búsqueda de características genéticas que permitan la detección de stocks o poblaciones es una actividad relevante para el manejo de los recursos. En el ámbito de la genética de poblaciones, los marcadores empleados han sido basados en fragmentos tanto del ADN mitocondrial (ADNmt) como del ADN nuclear. Recientemente, los estudios genéticos se han fortalecido con el desarrollo de protocolos de secuenciación de última generación, lo cual permite el hallazgo de una gran cantidad del polimorfismo genético y un análisis más detallado de la estructura poblacional. En el presente estudio, se pretende encontrar marcadores moleculares tipo SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) y obtener secuencias de ADNmt en organismos de importancia comercial presentes en el Pacífico mexicano. El análisis de SNPs será realizado en muestras de sardina crinuda Opisthonema libertate con la intención de realizar posteriormente un estudio poblacional. Para su desarrollo se empleará el método ddRAD-Seq (Secuenciado de ADN Asociado a Sitios de Doble Restricción) para simultáneamente descubrir y obtener bioinformáticamente los genotipos de miles de marcadores SNPs distribuidos en el genoma. Las muestras empleadas para este análisis provienen de distintas localidades de las costas del Pacífico mexicano y de Centroamérica. Las secuencias de ADNmt serán obtenidas a partir de muestras del pulpo Octopus hubbsorum. Se diseñarán iniciadores específicos, basados en secuencias depositadas en Genbank, de especies cercanas filogenéticamente. Los productos de las amplificaciones vía PCR, serán secuenciados en ambas direcciones empleados los mismos iniciadores usados en la amplificación. El arreglo y edición de las secuencias se realizará en el programa Chromas. Para este análisis, se emplearán muestras de ejemplares provenientes de diferentes localidades del Pacífico mexicano.