Resumen:
En estudios del ictioplancton (huevos y larvas de peces), la principal limitante es la dificultad o imposibilidad de identificar estadios tempranos de muchas especies, debido a la falta de características morfológicas distintivas y más importante aún por la falta de literatura en donde se describa morfológicamente a las larvas de dichas especies. Estas limitaciones son evidentes en ciertas regiones del mundo, para ciertos grupos taxonómicos y durante estadios de desarrollo tempranos. La identificación de larvas de peces en el Golfo de California mas allá del nivel de familia en algunos especímenes es imposible. Si la identificación de las larvas de peces no se logra al nivel de especie entonces el objetivo principal de los estudios del Ictioplancton se ve limitado en determinar la distribución espacial, las temporadas de reproducción y zonas de desove, así como hacer estimaciones de stocks desovantes de especies de importancia comercial, de relevancia ecológica o protegidas. Por tal razón el uso de medios de identificación molecular ha ido incrementando en respuesta a las limitaciones de las identificaciones morfológicas. Actualmente la tecnología utilizada para la obtención de secuencias de ADN de larvas de peces, mediante reacción en cadena polimerasa (PCR), se encuentra bien desarrollada y la eficiencia en determinar la especie de un espécimen (larva) recae en parear su secuencia con una secuencia de referencia, obtenida de un espécimen juvenil o adulto correctamente identificado de la misma especie o de una secuencia reportada. Se ha propuesto que la secuencia del citocromo oxidasa subunidad 1 (CO1), puede ser adecuada para la discriminación de la mayoría de las especies animales. Las conclusiones de estudios en una gran variedad de invertebrados, peces, y aves, son que existen suficiente diferenciación inter-específica para la identificación de especies.