Resumen:
Los erizos de mar representan un alto potencial pesquero, principalmente por la exportación de sus gónadas. En México, se explota comercialmente al erizo rojo y morado, sin embargo, el erizo rojo se encuentra sobreexplotado. Una alternativa para disminuir la presión de pesca del erizo rojo es la utilización de otras especies con potencial pesquero. El erizo café Tripneustes depressus es una especie viable, debido a su abundancia en las costas del Pacífico Mexicano y a la calidad de su gónada. El objetivo del presente estudio es caracterizar la diversidad y estructura genética de poblaciones del erizo café en el Pacífico Mexicano, mediante nucleótidos de un solo polimorfismo (SNP's). Se elaborará una librería genómica para el descubrimiento de SNP's utilizando la técnica de secuenciación de ADN asociado a sitios de restricción de doble digestión (ddRADseq), la cual consta de cinco pasos básicos: extracción y selección de ADN, doble digestión, ligación de adaptadores, selección de tamaño e incorporación de index. Una vez obtenidos los datos provenientes de la secuenciación, se hará uso de la bioinformática mediante el programa STACKS, en donde se ejecutarán módulos de manera secuencial para el filtrado y obtención de las bases de datos con los SNP's candidatos. Finalmente, se procederá a realizar análisis de diversidad (número de alelos, heterocigosidad observada y esperada) y estructura genética (ANOVA, FST pareado, DAPC). Cabe mencionar que en un estudio previo titulado ?Estudio genómico-poblacional de la especie en Baja California Sur? (Proyecto multidisciplinario, módulos: 20201032, 20210196 y 20220560) se obtuvieron SNPs de esta especie de localidades de Baja California Sur. Esta propuesta ampliará la escala del estudio para incluir potencialmente muestras de Baja California, Sonora, Sinaloa, Colima y Oaxaca, dentro del intervalo de distribución de la especie.