Resumen:
Los microorganismos asociados a los sedimentos de los manglares y la rizósfera juegan un papel clave en este ecosistema, sin embargo, la información acerca de la dinámica de nutrientes y flujo de energía es aún limitada, ya que la mayoria de los estudios microbiológicos se basan en la utilización de técnicas cultivo dependientes. La metagenómica usa las técnicas de secuenciación masiva para el estudio genético de muestras ambientales, al tener mayor resolución han favorecido un incremento en la información sobre las comunidades microbianas presentes ya que pueden detectar bacterias no cultivables. Con este proyecto se pretende contribuir al conocimiento sobre las comunidades microbianas asociadas a sedimentos y rizósfera de manglares árido-tropicales y evaluar el efecto de la variación de paramétros fisicoquímicos del agua y sedimento, en la estructura de las comunidades microbianas en dos sistemas de manglar ubicados en La Paz, BCS. Se tomarán núcleos de sedimento a 10 cm de profundidad y raíces adventicias de los mangles, el ADN ambiental se extraerá utilizando un Kit comercial y se enviará a una empresa de servicio para su secuenciación en la plataforma Illumina MiSeq. Las secuencias de los amplicones obtenidas se procesarán con diversas herramientas bioinformáticas. La asignación taxonómica de las OTUs se realizará en la plataforma QIIME2 empleando la base de datos de SILVA v138. Se estimarán los índices de biodiversidad de Chao1, Shannon y Simpson (alfa), así como el análisis de varianza permutacional (PERMANOVA) y las distancias de Bray-Curtis y Jaccard. El estudio de la microbiota asociada al sedimento y a la rizósfera facilitará la comprensión de los procesos biogeoquímicos en donde participan los microorganismos y permitirá proponer varios enfoques en donde los microorganismos tengan un papel principal en la protección y rehabilitación de manglares.