Resumen:
Las especies por definición difieren en sus secuencias de ADN, los análisis evolutivos han demostrado que la magnitud de la diferenciación esta correlacionada con el tiempo desde el cual los taxa divergieron de un ancestro en común. Consecuentemente algunas fracciones de su genoma pueden utilizarse como marcadores moleculares especie-específicos. En estudios del ictioplancton la principal limitante es la dificultad ó imposibilidad de identificar estadios tempranos de muchas especies, esto debido a la falta de características morfológicas distintivas; lo cual conlleva a la pérdida de información en estudios taxonómicos y ecológicos. En la región del alto Golfo de California estos problemas taxonómicos se ven reflejados en los Scianidos y Engraulidos, por lo que se recomienda aplicar marcadores moleculares especie-específicos. La tecnología utilizada para la obtención de secuencias de ADN de larvas, mediante reacción en cadena polimerasa (PCR), actualmente se encuentra bien desarrollada y la eficiencia en determinar la especie de un espécimen (larva) recae en parear esta secuencia con una secuencia obtenida de un espécimen correctamente identificado (en este caso una secuencia reportada ó de un adulto de la misma especie). Este apareamiento de secuencias requiere de una base de datos con secuencias de ADN de todos los posibles especímenes. El empleo de secuencias de la región COI del ADN mitocondrial como marcadores especie-específicos son una aproximación real de abordar tal problema, debido a que este gen posee suficiente variación inter-específica para la discriminación de la mayoría de los taxa estrechamente relacionados. Gracias a proyectos como el ?Código de Barras? se han generado iniciadores universales y bases de datos con secuencias de una amplia variedad de peces, que junto con otros bancos de datos (Genbank, BOLD), plantean las bases para la identificación de larvas de peces a nivel de especies mediante herramientas moleculares.